การจัดการของจุลินทรีย์ในลำไส้นั้นซับซ้อนและอาจทำให้เกิดปฏิกิริยาระหว่างแบคทีเรียกับโฮสต์ แม้ว่าโปรไบโอติกจะถือว่าปลอดภัย แต่ก็มีบางคนกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยในบางกรณี คนบางคน เช่น ผู้ที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง , กลุ่มอาการลำไส้สั้น , สายสวนหลอดเลือดดำส่วนกลาง , และโรคลิ้นหัวใจและทารกที่คลอดก่อนกำหนด อาจมีความเสี่ยงสูงต่อเหตุการณ์ไม่พึงประสงค์ ในผู้ที่ป่วยหนักด้วยโรคลำไส้อักเสบมีความเสี่ยงที่แบคทีเรียที่มีชีวิตจะผ่านจากระบบทางเดินอาหารไปยังอวัยวะภายใน (การเคลื่อนย้ายของแบคทีเรีย) ซึ่งเป็นผลมาจากภาวะแบคทีเรียในกระแสเลือดซึ่งอาจส่งผลเสียต่อสุขภาพได้ น้อยครั้งนักที่การบริโภค โพรไบโอติก โดยเด็กที่มีการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันต่ำหรือผู้ที่ป่วยหนักแล้วอาจส่งผลให้เกิดภาวะแบคทีเรียหรือเชื้อรา (เช่น แบคทีเรียหรือเชื้อราในเลือด) ซึ่งอาจนำไปสู่ภาวะ ติดเชื้อใน กระแสเลือดซึ่งเป็นโรคที่อาจถึงแก่ชีวิตได้ ในปี 2558 มูลค่าตลาดค้าปลีกทั่วโลกสำหรับโปรไบโอติกอยู่ที่ 41,000 ล้านดอลลาร์สหรัฐ ซึ่งรวมถึงยอดขายอาหารเสริมโปรไบโอติกผลิตภัณฑ์นมหมัก และโยเกิร์ต ซึ่งคิดเป็น 75% ของการบริโภคทั้งหมดเพียงอย่างเดียว นวัตกรรมผลิตภัณฑ์โปรไบโอติกในปี 2558 ส่วนใหญ่มาจากอาหารเสริม ซึ่งสร้างรายได้ 4 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ และคาดว่าจะเติบโต 37% ทั่วโลกภายในปี 2563 การบริโภคผลิตภัณฑ์โยเกิร์ตในจีนเพิ่มขึ้น 20% ต่อปีตั้งแต่ปี 2557