ก่อนปี พ.ศ. 2558 สายพันธุ์ป่าที่ใกล้เคียงกับCitrullus lanatusมากที่สุด สันนิษฐานว่าเป็นแตงตระกูลCitrullus ecirrhosus Cogn. จากภูมิภาคแห้งแล้งของแอฟริกาใต้โดยอ้างอิงจากตัวอย่างในศตวรรษที่ 18 ที่ระบุอย่างผิดพลาด อย่างไรก็ตาม หลังจากการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ ญาติที่ใกล้เคียงที่สุดกับCitrullus lanatusตอนนี้คิดว่าเป็นCitrullus mucosospermus (Fursa) จากแอฟริกาตะวันตก (จากเซเนกัลถึงไนจีเรีย) ซึ่งบางครั้งก็ถูกพิจารณาว่าเป็นชนิดย่อยภายในC. lanatus ประชากรแตงโมจากซูดานก็ใกล้เคียงกับ แตงโม เลี้ยงในบ้านเช่นกัน แตงขนขมได้รับการอธิบายอย่างเป็นทางการโดยCarl Peter Thunbergในปี พ.ศ. 2337 และตั้งชื่อว่ามะระขี้นก . ถูกกำหนดใหม่ให้อยู่ในสกุลCitrullus ในปี พ.ศ. 2459 โดยนักพฤกษศาสตร์ชาวญี่ปุ่นJinzō MatsumuraและTakenoshin Nakai เดิมทีแตงโมถูกปลูกเพื่อให้มีปริมาณน้ำสูงและถูกเก็บไว้กินในช่วงฤดูแล้ง ไม่เพียงแต่เป็นแหล่งอาหารเท่านั้น แต่ยังเป็นวิธีการกักเก็บน้ำอีกด้วย เมล็ดแตงโมถูกพบใน ภูมิภาค ทะเลเดดซีณ ถิ่นฐานโบราณของBab edh-DhraและTel Arad เมล็ดแตงโมป่าอายุ 5,000 ปีจำนวนมาก ( C. lanatus ) ถูกค้นพบที่Uan Muhuggiagซึ่งเป็นแหล่งโบราณคดีก่อนประวัติศาสตร์ที่ตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของลิเบีย การค้นพบทางพฤกษศาสตร์เชิงโบราณคดีนี้อาจสนับสนุนความเป็นไปได้ที่พืชชนิดนี้มีการกระจายอย่างกว้างขวางมากขึ้นในอดีต